汶川地震发生后，在抗震救灾的同时，为了有效预防校园内疫情、流行病的发生，后勤集团强化对学校公共区域、教学楼、学生宿舍、学生食堂、实验室、办公楼、避震棚区、公共厕所、垃圾房、垃圾车、果屑箱等全面消杀工作，加强卫生防疫和疾病防控。
为了加强“5.12”大地震在后的卫生防疫和疾病防空工作，根据学校有关部署，后勤集团成立了以总经理熊寿华为组长的后勤集团地震灾后卫生防疫和疾病防控工作领导小组，下设：综合协调、卫生防疫和疾病防控、饮食卫生安全、饮水卫生安全、消杀工作、宣传督察六个专项工作组。各专项工作组按照学校和集团的工作要求，制定出了具体的工作实施方案。要求做到责任落实，注重细节，加强监督，优质地完成地震后的卫生防疫、疫病防控、饮食卫生安全、饮水安全及校园消杀等有关工作，以实际行动为抗震救灾作贡献。
为了全面开展和做好震后校园的消杀工作，后勤集团紧急增购了60余台消杀工具以及消毒药品。为了弥补爱卫会消杀人员不足的矛盾，望华校园中心、江安校园中心抽调环卫、绿化人员加班加点全面开展消杀工作。目前，已完成对新老校区学校公共区域、教学楼、学生宿舍、学生食堂、实验室、办公楼、避震棚区、公共厕所、垃圾房、垃圾车、果屑箱等地点的多次全面消杀。同时，校医院加强了卫生防疫和疾病防控知识的宣传，积极为校园消杀工作提供消杀药品及配置的专业指导，还对从灾区重返学校的志愿者进行登记检查跟踪。目前，消杀工作仍在继续进行，以确保学校师生身体健康，防止灾后疫情发生。
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